過度使用未經無害化處理的糞便會危害農作物、土壤、地表水和地下水水質。我們為什么常說腐熟不徹底的是糞，而經過
有機肥生產線處理之后腐熟徹底的才是肥呢？
家畜農家肥是有機肥生產的好原料，但如果未經充分發酵或腐熟而直接施用到作物上，則存在很大的害處！
過度使用未經無害化處理的糞便會危害農作物、土壤、地表水和地下水水質。在某些情況下(通常是新鮮糞便)有燒苗現象；大量使用糞便也能引起土壤中溶解鹽的積累，使土壤鹽分增高，植物生長受影響。據報道，1999年在非洲有31%的牧場因畜禽糞便污染導致土壤發生鹽漬化，土壤肥力下降。
有機肥生產線
生糞直接施用的8大危害：
01、傳染病蟲害
家畜農家肥中含有大腸桿菌、線蟲等病菌和害蟲，直接使用會導致病蟲害的傳播，作物發病，對食用農產品的人體健康也產生影響；未腐熟的雞糞在土壤中發酵時，容易滋生病菌與蟲害的發生。
02、發酵燒苗害
發酵不充分的家畜農家肥施到地里后，當發酵條件具備時，便開始發酵，若發酵部位根部較近，且作物植株較小，發酵產生的熱量會影響作物生長，嚴重時導致植株死亡。
03、導致土壤酸化 果樹爛根，黑根
家畜糞普遍是強酸性肥料（PH值為3.6~4.7），在果園里施用酸性家畜糞，不但易造成土壤酸化，還易造成果樹爛根、黑根、黃葉、樹勢早衰、黃化病，嚴重時導致植株死亡。
04、毒氣危害
生糞在分解過程中易產生甲烷、氨等有害氣體，使土壤和作物產生酸害和根系損傷，更重要的是產生的乙烯氣體有抑制根系生長的作用，也是燒根的主要原因。
05、土壤缺氧
有機質在分解過程中消耗土壤中的氧氣，使土壤暫時性的處于缺氧狀態，會使作物生長受到抑制。
06、肥效緩慢
未發酵腐熟的家畜糞中，養分多為有機態或緩效態，不能被作物直接吸收利用，只有分解轉化成速效態，才能被作物吸收利用。所以未發酵直接施用使肥效減慢。
07、重金屬超標
重金屬是指比重大于5的金屬，約有45種，包括鉛（Pb）、鎘（Cd）、汞（Hg）、鉻（Cr）、銅（Cu）、鋅（Zn）、鎳（Ni）等。
砷（As）雖不屬于重金屬， 但因其來源以及危害都與重金屬相似，故通常列入重金屬類進行研究討論。
重金屬在畜禽糞便中的積累量與畜禽的種類有關，同一種類中，重金屬含量又與畜禽的年齡、畜禽糞便的處理方式等因素有關，但最終取決于飼料添加劑以及在防治畜禽病害中一些微量元素的使用量。
隨著集約化、規模化養殖業的快速發展，一些重金屬元素等被廣泛應用于飼料添加劑，加之微量元素在動物體內生物效價很低，大部分都隨畜禽糞便排放到環境中，給生態環境造成巨大的壓力。
當這種含有大量重金屬的畜禽糞便長期施用于農田時，可造成土壤的重金屬污染，其中的重金屬元素在土壤-水-植物系統中積累轉化，并最終通過食物鏈對人體健康造成威脅。
還有較多的激素殘留，造成農產品重金屬超標，給食品安全、農業產業的可持續發展埋下隱患。
08、容易滋生線蟲危害
以生雞糞為例：雞糞是根結線蟲的宿營地和溫床，自身攜帶根結線蟲卵的數量為每1000克100個，雞糞中的線蟲卵極易孵化，一夜之間倍增數萬，土壤中的線蟲在有雞糞的地塊發生率提高500%倍以上。
線蟲對化學藥劑有極為敏感的趨避性，施藥后線蟲會迅速轉移到地下50公分-1.5米的深處躲避，所以很難根治。尤其對于3年以上老棚，根結線蟲是最致命的隱患之一。
09、利用不便、效率低
生糞未經處理，不易運輸，體積大，有效成分低，使用成本高。有機物向腐殖質轉化的時間較長，養分流失嚴重。
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